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  2. 附屬單位與中心

【副校長室】

社會參與辦公室
校務研究辦公室

【研究發展處】

創新育成中心
生物技術育成中心

【人文社會科學學院】

楊牧文學研究中心
人文創新與社會實踐研究中心
數位文化中心
大眾史學研究中心
歐盟研究中心

【理工學院】

智慧科技中心
東台灣農藥殘留與毒物檢驗中心
貴重儀器使用中心
能源科技中心

【管理學院】

企業資源規劃(ERP)中心
臺灣東部產業發展研究中心

【花師教育學院】

偏鄉閱讀與行動中心
原住民族教育中心
教師專業發展與評鑑中心
多元文化教育中心
附設實驗幼兒園
特殊教育中心
科學教育中心

【藝術學院】

東區工藝育成中心
公共藝術
藝托邦藝文空間

【原住民民族學院】

原住民族課程發展協作中心
原住民族發展中心
原住民族文化與傳播中心
原住民族國際事務中心
原住民族學生資源中心
原住民族語言中心

【環境學院】

臺灣東部地震研究中心
環境教育中心
防災研究中心
校園環境中心